Médecine, agriculture... : les microbes, ces alliés minuscules et cruciaux

Bien sûr, personne ne pense que les microbes peuvent être moralement justes. Ils n’ont pas d’intentions - bonnes ou mauvaises. Mais il devient rapidement évident que certaines communautés microbiennes sont vitales pour notre santé individuelle et celle de nos cultures. La plupart d’entre elles nous sont bénéfiques ou ne font aucun mal la plupart du temps.

Cette nouvelle prise de conscience est à l’origine de découvertes et d’une réévaluation permanente des pratiques au cœur de deux des activités essentielles et emblématiques de l’humanité : la médecine et l’agriculture. Les membres de notre microbiome, en particulier ceux qui vivent dans l’intestin, contribuent non seulement à tenir à distance leurs cousins pathogènes, mais ils fabriquent également de nombreux composés dont nous avons besoin, mais que notre propre corps ne peut pas produire. Le butyrate est l’un de ces composés. Sans un apport régulier, les cellules qui tapissent le côlon commencent à mal fonctionner, ce qui peut entraîner certains cancers et le syndrome de l’intestin qui fuit, entre autres. Le neurotransmetteur sérotonine est un autre composé fabriqué par le microbiote intestinal. Un niveau insuffisant de cette substance peut nous rendre grincheux.

Dans le monde de la botanique, les microbes bénéfiques qui vivent dans et sur les racines d’une plante produisent des hormones de croissance végétale et stimulent les plantes à produire leurs propres composés défensifs. Les plantes, à leur tour, produisent et libèrent des sucres et des protéines de leurs racines pour nourrir leurs alliés microbiens dans le sol. Pourquoi ? C’est mutuellement bénéfique.

Mais comme tous les alliés, nous et nos cultures ne pouvons compter sur les partenaires microbiens que tant que les intérêts sont alignés. Lorsque nous brouillons les microbiomes en utilisant sans discernement des toxines microbiennes comme les antibiotiques à large spectre et les produits agrochimiques, ils peuvent se retourner contre nous. Les microbes gênants - nuisibles et pathogènes auparavant tenus en échec par leurs frères bénins - peuvent proliférer et faire des ravages. À long terme, cela mine à la fois la base microbienne des défenses naturelles de nos cultures et notre propre système immunitaire.

En effet, la guerre que nous menons depuis un siècle contre les microbes a donné lieu à des victoires importantes, mais aussi à des conséquences imprévues. Si nous avons maîtrisé de nombreuses maladies infectieuses, nous sommes désormais confrontés à des superbactéries, des microbes pathogènes que nous ne pouvons plus tuer à l’aide d’antibiotiques. La perte ou l’altération du microbiome humain est également impliquée dans certaines maladies chroniques courantes qui affectent notre vie moderne, notamment le diabète de type 1 et de type 2, les maladies inflammatoires de l’intestin, certains cancers, la sclérose en plaques, l’asthme et les allergies.

Et dans le domaine de l’agriculture, bien que nous puissions obtenir des rendements élevés la plupart des années, les agriculteurs doivent également faire face à des champs plus vulnérables à l’apparition et à la résurgence de parasites, ainsi qu’à des pertes globales de fertilité des sols. Au cours des dernières décennies, nous avons appris que dans de nombreux cas, ces problèmes, et leurs solutions, sont liés à la façon dont nous traitons les communautés microbiennes vivant dans le sol.

Nous avons besoin d’une stratégie de première ligne différente si nous voulons préserver nos choix de moins en moins nombreux d’antibiotiques et de pesticides efficaces pour le moment où nous en avons vraiment besoin. Qu’est-ce qui pourrait fonctionner mieux ? Promouvoir les intérêts de nos alliés microbiens, ceux qui nous profitent lorsque nous nous associons à eux. La conservation et la protection des microbiomes est la direction que devraient prendre les nouvelles pratiques en médecine et en agriculture.

Dans notre récent ouvrage intitulé "La moitié cachée de la nature", nous énonçons quelques principes directeurs sur la manière de recruter des alliés microbiens et de travailler avec eux, sur la base des progrès de la science des microbiomes. Il est essentiel de protéger, et si possible de restaurer, les microbiomes. Nous pouvons protéger les microbiomes des enfants en ne leur donnant des antibiotiques que lorsque cela est nécessaire. Et pour toute personne, lorsqu’une cure d’antibiotiques ne peut être évitée, les professionnels de santé devraient envisager de la faire suivre d’une prescription supplémentaire de probiotiques. Il s’agit généralement de souches ou d’espèces spécifiques de bactéries qui, utilisées correctement, peuvent aider à rétablir le microbiote intestinal bénéfique après la prise d’antibiotiques.

Nous pouvons aussi nous entraîner à cultiver les microbiomes. Pour les êtres humains, c’est assez simple. Une alimentation riche en fibres nourrit le microbiome intestinal et constitue le meilleur moyen de le maintenir en bonne santé. Les plantes aussi peuvent bénéficier d’un microbiome bien nourri. L’utilisation de cultures de couverture et de rotations de cultures diversifiées contribue à la constitution de la matière organique sur laquelle se développe le microbiote bénéfique du sol. De telles pratiques constituent une base indispensable à la conservation et à la protection des microbiomes dont nous aurons besoin pour maintenir nos organismes en bonne santé et nos exploitations agricoles productives. En effet, la gestion des microbes bénéfiques est un moyen efficace, et peut-être le seul, de les garder à nos côtés pour l’avenir.

Après tout, il existe une raison stratégique très simple pour recruter et garder des légions d’alliés microbiens à nos côtés. Ils sont plus nombreux que nous, à raison de plusieurs milliards de fois.